Nell’aprile 2007, su iniziativa del Comitato Pari Opportunità dell’Università di Padova, si svolge un incontro nazionale che, alla presenza dei rappresentanti di una ventina di Università, approva il progetto di istituire una rete nazionale permanente dei Comitati Pari Opportunità universitari. La molteplicità e la diversità delle esperienze maturate nei diversi Atenei suggeriscono, infatti, di ricercare un luogo di confronto e scambio di modelli culturali ed organizzativi e di informazione sulle buone pratiche attuate dai singoli Comitati; ma fanno anche intravvedere la necessità di creare un’entità in grado di porsi come interlocutore attivo e qualificato nei rapporti con le istituzioni nazionali ed europee, al fine di promuovere pari opportunità e l’attuazione, laddove incompiuta, delle disposizioni in tema di costituzione degli organismi di parità. Durante l’incontro viene anche predisposta una bozza di “Carta d’intenti”che individua nei Comitati Pari Opportunità in carica i possibili aderenti.

L’assemblea generale costituente della Conferenza Nazionale dei Comitati Pari Opportunità delle Università italiane viene convocata a Pisa il 15 giugno 2007, in occasione di un Convegno sui Centri studi di genere. Viene in tal modo formalizzata la costituzione delle Conferenza, approvando il testo della Carta d’intenti, che viene sottoscritta dai rappresentanti dei Comitati di sedici università italiane, cui in seguito si aggiungeranno numerosi altri Atenei. Nella medesima occasione vengono nominati, con metodo elettivo, gli organi della Conferenza.

In data 2 dicembre 2008, a Trieste, la Conferenza assume formalmente avanti ad un Notaio la connotazione di associazione senza scopo di lucro, depositando lo Statuto sociale.

In conseguenza della riforma introdotta con la Legge 183/2010, che prevede l’istituzione dei Comitati Unici di Garanzia, la Conferenza, in data 29 novembre 2012, delibera di assumere la nuova denominazione di “Conferenza Nazionale degli Organismi di Parità delle Università italiane.